Hướng Dẫn Hạch Toán Kế Toán Ủy Thác Nhập Khẩu Theo Thông Tư 99 (Thay Thế Thông Tư 200)
Kể từ ngày 01/01/2026, Thông tư 99/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp chính thức có hiệu lực thi hành, thay thế toàn diện cho Thông tư 200/2014/TT-BTC.
Đối với các doanh nghiệp thương mại và nhà bán hàng sàn TMĐT (Shopee Mall, TikTok Shop Mall) đang sử dụng phương thức Ủy thác nhập khẩu chính ngạch, việc nắm vững quy trình luân chuyển chứng từ theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và định khoản kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC là yêu cầu bắt buộc để đảm bảo chi phí hợp lệ 100% khi quyết toán thuế.
Az chính ngạch hướng dẫn chi tiết quy trình hạch toán nghiệp vụ ủy thác nhập khẩu tại Bên giao ủy thác (Bên mua hàng) theo chế độ kế toán mới nhất.
1. Bản chất pháp lý của giao dịch ủy thác nhập khẩu
Trong giao dịch ủy thác nhập khẩu:
- Bên giao ủy thác (Bên mua / Chủ hàng): là chủ sở hữu thực tế của lô hàng, chịu mọi chi phí mua hàng, nghĩa vụ thuế nhập khẩu, thuế GTGT và trả phí dịch vụ ủy thác.
- Bên nhận ủy thác (Đơn vị Logistics / Đại lý XNK): chỉ đóng vai trò trung gian thực hiện thủ tục ngoại thương, đứng tên trên Tờ khai hải quan, nộp các khoản thuế thay vào Ngân sách Nhà nước và xuất hóa đơn dịch vụ ủy thác.
Do không phát sinh quan hệ mua bán chuyển giao quyền sở hữu với bên nhận ủy thác, kế toán bên giao ủy thác theo dõi toàn bộ các khoản thanh toán, thuế nộp hộ và hàng hóa qua tài khoản công nợ TK 331 (chi tiết cho Bên nhận ủy thác).
2. Bộ hồ sơ chứng từ hợp lệ theo quy định mới
Để đủ điều kiện hạch toán và khấu trừ thuế, kế toán bên giao ủy thác cần thu thập đầy đủ bộ chứng từ sau:
- Hợp đồng ủy thác nhập khẩu: kèm theo các phụ lục hợp đồng quy định cụ thể tên hàng, model, số lượng, giá trị và trách nhiệm của các bên.
- Tờ khai hải quan nhập khẩu thông quan: thể hiện tên bên nhận ủy thác (có ghi rõ ủy thác cho bên giao).
- Giấy nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước (bản sao y có xác nhận ngân hàng/kho bạc): chứng minh số tiền Thuế Nhập khẩu và Thuế GTGT khâu nhập khẩu đã nộp cho lô hàng.
- Hóa đơn GTGT xuất trả hàng nhập khẩu: do bên nhận ủy thác lập theo quy định tại Điểm a Khoản 3 Điều 13 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP.
- Hóa đơn GTGT phí hoa hồng ủy thác: hóa đơn dịch vụ phản ánh tiền công ủy thác của bên nhận.
- Biên bản bàn giao hàng hóa / Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ: chứng từ xác nhận thực tế nhận hàng về kho.
- Chứng từ thanh toán qua ngân hàng (Ủy nhiệm chi): tiền cọc hàng, tiền hoàn ứng thuế và tiền thanh toán phí dịch vụ.
3. Quy trình hạch toán chi tiết tại Bên Giao Ủy Thác (Bên Mua)
Sau khi có đầy đủ bộ chứng từ trên, kế toán tiến hành hạch toán theo trình tự 5 bước chuẩn dưới đây, theo hệ thống tài khoản tại Thông tư 99/2025/TT-BTC:
| Bước | Định khoản (Nợ/Có) | Diễn giải |
|---|---|---|
| 1. Chuyển tiền cọc / tạm ứng mua hàng, tạm ứng thuế | Nợ TK 331 (chi tiết bên nhận ủy thác) Có TK 112 | Khi doanh nghiệp chuyển khoản tiền mua hàng và thuế cho bên nhận ủy thác. |
| 2. Nhận bàn giao hàng hóa & hóa đơn GTGT xuất trả hàng | Nợ TK 156 (1561) / Có TK 331 Nợ TK 1331 / Có TK 33312 | Căn cứ Hóa đơn GTGT xuất trả hàng và Biên bản bàn giao. Nếu có thuế nhập khẩu do không có Form E, thuế NK tính vào nguyên giá: Nợ TK 156 / Có TK 3333. |
| 3. Bù trừ chứng từ nộp thuế nộp thay | Nợ TK 33312, Nợ TK 3333 (nếu có) Có TK 331 | Căn cứ Giấy nộp tiền vào NSNN do bên nhận ủy thác cung cấp, cấn trừ nghĩa vụ thuế với công nợ bên nhận ủy thác. |
| 4. Hạch toán phí hoa hồng dịch vụ ủy thác | Nợ TK 156 (1562), Nợ TK 1331 Có TK 331 | Căn cứ Hóa đơn GTGT phí dịch vụ hoa hồng ủy thác do đơn vị logistics phát hành. |
| 5. Quyết toán hợp đồng và tất toán công nợ | Nợ TK 331 / Có TK 112 | Đối chiếu tổng số tiền thực tế phát sinh với số tiền tạm ứng ban đầu, thanh toán phần công nợ còn lại qua ngân hàng. |
Mã tài khoản nêu trên tham chiếu theo hệ thống tài khoản hiện hành, doanh nghiệp cần đối chiếu lại với phụ lục hệ thống tài khoản chính thức ban hành kèm Thông tư 99/2025/TT-BTC trước khi áp dụng.
4. Ba lưu ý kế toán sống còn khi kê khai thuế ủy thác nhập khẩu
Điều kiện khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu
Căn cứ quy định về thuế GTGT, chứng từ bắt buộc để bên giao ủy thác được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào là Giấy nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước (hoặc biên lai nộp thuế thay) kèm theo Hóa đơn GTGT xuất trả hàng của bên nhận ủy thác.
Quy định xuất hóa đơn theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP
Bên nhận ủy thác chỉ được xuất Hóa đơn điện tử GTGT trả hàng khi đã hoàn thành việc nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Nếu chưa nộp thuế xong mà giao hàng trước thì phải sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ điện tử.
Thanh toán không dùng tiền mặt
Mọi khoản thanh toán tiền hàng, tiền thuế và phí hoa hồng từ 20 triệu đồng trở lên bắt buộc phải thực hiện qua tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp để đảm bảo tính hợp lệ của chi phí tính thuế TNDN.
Tổng kết
Nắm vững quy định tại Thông tư 99/2025/TT-BTC và Nghị định 123/2020/NĐ-CP giúp doanh nghiệp tự tin áp dụng hình thức ủy thác nhập khẩu chính ngạch, vừa giải quyết triệt để bài toán hóa đơn đầu vào để bán hàng trên Shopee Mall, TikTok Shop Mall, vừa bảo vệ tối đa quyền lợi khấu trừ thuế cho doanh nghiệp.
Az chính ngạch hỗ trợ trọn gói dịch vụ ủy thác nhập khẩu
Với các doanh nghiệp và nhà bán hàng TMĐT chưa quen quy trình chứng từ, hạch toán ủy thác nhập khẩu, Az chính ngạch hỗ trợ từ khâu ký hợp đồng ủy thác, làm thủ tục hải quan, đến bàn giao đầy đủ bộ chứng từ hợp lệ (tờ khai, hóa đơn GTGT, giấy nộp thuế) để đội kế toán của bạn hạch toán đúng, đủ điều kiện khấu trừ thuế. Liên hệ Az chính ngạch để được tư vấn quy trình phù hợp với lô hàng của bạn.